Do zakresu działania Samodzielnego Wydziału Ochrony Informacji Niejawnych (SWOIN) należą zagadnienia i sprawy dotyczące:
zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym ich ochrony fizycznej;
zapewnienie ochrony systemów i sieci teleinformatycznych, w których są wytwarzane, przetwarzane, przechowywane lub przekazywane informacje niejawne;
kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji;
okresowa kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów zawierających informacje niejawne;
opracowywanie i uaktualnianie planu ochrony informacji niejawnych w KZGW oraz nadzorowanie jego realizacji;
szkolenie pracowników KZGW w zakresie ochrony informacji niejawnych;
wykonywanie czynności w zakresie prowadzenia postępowań sprawdzających wobec pracowników KZGW;
prowadzenie wykazu stanowisk i prac zleconych oraz osób dopuszczonych do pracy na stanowiskach, z którymi wiąże się dostęp do informacji niejawnych;
współpraca w zakresie realizacji swoich zadań ze służbami ochrony państwa;
informowanie na bieżąco kierownika jednostki organizacyjnej o przebiegu współpracy ze służbami ochrony państwa;
opracowanie „Szczegółowych wymagań w zakresie ochrony informacji niejawnych oznaczonych klauzulą „zastrzeżone”, które znajdują się w komórkach organizacyjnych” oraz ich uaktualnianie;
wydawanie, bądź odmowa wydania poświadczeń bezpieczeństwa osobowego;
umarzanie lub zawieszanie postępowań sprawdzających;
prowadzenie wykazu stanowisk i prac zleconych oraz wykazu osób dopuszczonych do pracy na stanowiskach, z którymi wiąże się dostęp do informacji niejawnych;
przekazywanie służbie ochrony państwa danych wymaganych do ewidencji osób dopuszczonych do pracy z informacjami niejawnymi o klauzuli „poufne”, a także do ewidencji osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub podjęto decyzję o cofnięciu poświadczenia bezpieczeństwa;
zapewnienie przestrzegania obowiązku składania oświadczeń majątkowych zgodnie z przepisami ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o ograniczeniu prowadzenia działalności gospodarczej przez osoby pełniące funkcje publiczne (Dz. U. z 2006 r. Nr 216, poz. 1584), prowadzenie wykazu osób zobowiązanych do składania oświadczeń, a także przechowywanie, aktualizacja oraz archiwizacja składanych oświadczeń.